محمد خاتمی از حامیان حسن روحانی در زمان تبیلغات انتخابات ریاست جمهوری بود که حتی عارف را مجبور به کناره گیری به نفع روحانی کرد. اما خاتمی تا کنون و بعد از پیروزی روحانی، اظهار نظر خاصی را در این باره نکرده است.
تحلیل گران این موضوع را به گونه های متعددی تحلیل می کنند که تاکید روحانی بر مستقل بودن و جدایی از جریان اصلاح طلبی، یکی از محورهای اکثر این تحلیل ها است .

بنا بر اعلام  برخی از سایت های خبری دکتر حسن روحانی رئیس‌جمهور منتخب مردم ایران، نخستین مقام رسمی بود که پس از انتخابات دوم خرداد ۱۳۷۶، به سید محمد خاتمی تبریک گفت. روحانی آن زمان علاوه بر دبیری شورایعالی امنیت ملی و عضویت در جامعه روحانیت مبارز، نایب‌ رئیس مجلس پنجم بود که علی‌اکبر ناطق نوری جدی‌ترین رقیب خاتمی، ریاستش را برعهده داشت. خاتمی امروز درگذشت استاد جلیل شهناز را تسلیت گفت. اما هنوز خبری از پیام تبریک به روحانی نیست.